Journaliste et écrivain, grand spécialiste de la bande dessinée et d'Hergé en particulier, Benoît Peeters franchit le pas qui sépare l'essayiste du scénariste, en écrivant pour François Schuiten Les Murailles de Samaris, le premier volet du cycle des Cités Obscures.

Il reprend la série Ergun l'errant avec Patrick Deubelbeiss, pour qui, avec le cinéaste Raoul Ruiz, il imagine en 1989 le Transpatagonien, un récit de voyage au sud du sud du continent américain.

Ce sera avec François Schuiten qu'il co-signera le scénario de Plagiat
! en 1989 dessiné par leur ami Alain Goffin. L'année suivante, le même Alain Goffin illustre une de ses nouvelles policières, Le Signe de Lucifer, avant, deux ans plus tard, de mettre en images son Théorème de Morcom.

Au Japon, il trouve l'inspiration et en ramène l'intrigue de Love Hotel, pour le dessinateur Frédéric Boilet. Il réalise également son premier court métrage, La Découverte inattendue, avec François Schuiten. Parallèlement, Benoît Peeters n'a jamais cessé d'alimenter en écrits divers les bibliothèques des bédéphages, leur livrant les secrets de scénarii comme ceux de Tintin dans des ouvrages de référence.